31.12.2024 — Leider müssen wir uns heute von Saara Lautala verabschieden. Sie verlässt die Thallmair-Gruppe nach einem 15-monatigen Postdoktorandinnenaufenthalt. Es hat uns gefreut, dass Du ein Teil unserer Gruppe warst. Wir werden Dich in bester Erinnerung behalten und wünschen Dir alles Gute, Saara!

26.12.2024 — Als Weihnachtsgeschenk gibt es als Lektüre nach den Weihnachtsfeiertagen eine Vorveröffentlichung mit verbesserten Martini 3 Parametern für Lipide. Diese ermöglichen unter anderem eine genauere Unterscheidung der Lipidlänge sowie verbessere Phasentrennung und strukturelle Eigenschaften. Die Arbeit mit dem Titel "The Martini 3 Lipidome: Expanded and Refined Parameters Improve Lipid Phase Behavior" wurde durch das interationale Forschungskonsortium Martini Force Field Initiative geleitet.

17.12.2024 — Glückwunsch an Cristina! Unsere Veröffentlichung mit dem Titel "G-Protein-Coupled Receptor Surface Creates a Favorable Pathway for Membrane Permeation of Drug Molecules" wurde in The Journal of Physical Chemistry Letters publiziert. Mit Hilfe von grobkörnigen Moleküldynamiksimulationen konnten wir zeigen, dass G-Protein gekoppelte Rezeptoren Medikamenten die Durchquerung der Zellmembran erleichtern können.

09.12.2024 — Glückwunsch an Marieli! Unsere ehemalige Gastdoktorandin Marieli Goncalves Dias hat heute erfolgreich ihre Doktorarbeit an der Campinas Universität (Brasilien) verteidigt. Alles Gute für Deine Zukunft, Marieli!

12.11.2024 — Sebastian nimmt an der Indisch-Deutschen Konferenz "International Conference on Engineered Chemical and Biochemical Systems" in Amritsar (Indien) teil. Dort wird Sebastian in einem eingeladenen Vortrag mit dem Titel "Unraveling Protein Function and Dysfunction by Means of Molecular Dynamics Simulations" die Arbeit der Gruppe vorstellen und Kontakte zu indischen Wissenschaftlern knüpfen. Vielen Dank für die Einladung!

23.10.2024 — Der nukleare Rezeptor PPARγ ist ein mögliches therapeutisches Ziel bei Diabetes mellitus Typ 2 und reguliert die Genexpression des Insulin- und Lipidmetabolismus. Mit Hilfe atomistischer und grobkörniger Moleküldynamiksimulationen konnten wir den Einfluss einer Phosphorylierung von Serin 273 auf die Struktur und Dynamik von PPARγ analysieren. Unsere Ergebnisse sind jetzt in einer Vorveröffentlichung mit dem Titel "S273 phosphorylation restricts PPARy structural dynamics - a multiscale modeling view on the mechanisms of obesity metabolism" nachzulesen.

18.10.2024 — Sebastian hat heute die Gruppe von Marco Cecchini an der Universität Straßburg besucht und einen Vortrag mit dem Titel "Unraveling protein function and dysfunction by means of coarse-grained molecular dynamics" gehalten. Vielen Dank für die Einladung und die spannenden Diskussionen!

09.10.2024 — Wir sind auf dem internationalen Symposium "New Horizons in Membrane Biology" an der Goethe-Universität Frankfurt gut vertreten. Sebastian hält einen Vortrag zur Inositoltriphosphat-Affinität des Tubby-Proteins, Cristina und Saara stellen Poster über G-Protein gekoppelte Rezeptoren und extended Synaptotagmins vor. Vielen Dank an die Organisatoren für das Zusammenstellen der großartigen Konferenz nebenan!

26.09.2024 — Glückwunsch! Thilo hat heute seine Masterarbeit eingereicht und wird im Oktober mit seiner Promotion in der Thallmair-Gruppe beginnen. Wir freuen uns, dass Thilo weiterhin ein Mtiglied unserer Gruppe ist!

16.04.2024 — Im Rahmen der Martini Force Field Initiative haben wir ein erweitertes GōMartini Modell entwickelt und ausgiebig getestet. Das internationale Team an Wissenschaftlern wurde von Paulo C. T. Souza and Sebastian geleitet. Die Arbeit zeigt die Anwendungsmöglichkeiten des GōMartini 3 Modells, die von Protein-Membran und Protein-Ligand Bindung zu Einzelmolekül-Kraftspektroskopie Studien reichen. Darüber hinaus kann GōMartini 3 verwendet werden, um Ungenauigkeiten des Martini 3 Proteinmodells zu korrigieren. Die lang erwartete Vorveröffentlichung mit dem Titel "GōMartini 3: From large conformational changes in proteins to environmental bias corrections" ist jetzt online!

05.04.2024 — Sebastian nahm diese Woche an dem CECAM Flagship Workshop über aktuelle Entwicklungen in grobkörnigen Modellen in Lyon teil. In seinem Vortrag präsentierte er Entwicklungen und Anwendungen des Martini 3 Proteinmodells sowie lichtschaltbare Moleküle. Vielen Dank an Paulo C. T. Souza und die anderen Organisatoren für das Zusammenstellen des schönen Programms!

24.03.2024 — G-Protein gekoppelte Rezeptoren sind eine wichtige Gruppe von Zellrezeptoren, die in der Membran sitzen. Mit Hilfe von grobkörnigen Moleküldynamiksimulationen konnten wir zeigen, dass sie auch Medikamenten die Überquerung der Zellmembran erleichtern können. Unsere Ergebnisse sind jetzt in einer Vorveröffentlichung mit dem Titel "GPCR surface creates a favorable pathway for membrane permeation of drug molecules" nachzulesen.

15.03.2024 — In den letzten beiden Tagen hat der wissenschaftliche Beirat das FIAS besucht und sich einen Überblick über die vielfältigen Forschungsaktivitäten am FIAS verschafft. Cristina, Saara und Thilo haben die Projekte der Thallmair-Gruppe bei der Postersitzung mit viel Engagement vorgestellt!

12.03.2024 — Sebastian hat heute einen Vortrag mit dem Titel "Unraveling protein function and dysfunction by means of coarse-grained molecular dynamics" am Max-Planck-Institute für Polymerforschung gehalten. Es war schön, alte Freunde zu treffen und neue Verbindungen zu knüpfen! Danke für die Einladung und die spannenden Diskussionen!

07.03.2024 — In der Vortragsreihe FIAS-Forum werden aktuelle naturwissenschaftliche Themen von FIAS-Forschenden allgemein verständlich vorgestellt. Heute Abend wird Sebastian einen Vortrag mit dem Titel "Wie Lichtschalter in Medikamenten der Zukunft eingesetzt werden können" halten. Für Kurzentschlossene gibt es mehr Details in der Ankündigung.

09.02.2024 — Cristina wird das diesjährige Biophysical Society Meeting in Philadelphia (PA, USA) besuchen und dort ein Poster mit dem Titel "Exploring Lipid and Ligand Flip-Flop on the Surface of a GPCR: A Martini 3 Study" vorstellen.

02.02.2024 — Wir freuen uns, dass die SCALE Initiative eingeladen ist, einen Vollantrag im Rahmen der Exzellenzinitiative einzureichen! Sebastian ist als assoziierter Wissenschaftler an dem Antrag beteiligt. Glückwunsch an alle Mitstreiter! 

01.01.2024 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr und freut sich auf tolle Kooperationen, spannende Forschungsergebnisse und interessante Konferenzen!

05.12.2023 — Sebastian hat für zwei Tage die Universität Münster besucht und heute einen Vortrag mit dem Titel "Modeling protein-lipid interactions: From LHCII lipid fingerprints to specific lipid binding sites" im pflanzenbiologischen Kolloquium gehalten. Vielen Dank für die Einladung und die spannenden Diskussionen!

31.10.2023 — Leider müssen wir uns heute von Marieli Goncalves Dias verabschieden. Nach einem Jahr als Gastdoktorandin in der Thallmair-Gruppe geht sie zurück an die Campinas Universität (Brasilien). Es war schön, Marieli als Teil unserer Gruppe zu haben. Wir wünschen Dir alles Gute, Marieli!

05.10.2023 — Cholesterol ist ein Kernbestandteil von Zellmembranen und daher ein wichtiges Molekül in biomolekularen Simulationen. Unser Artikel zur Entwicklung und Validierung des Cholesterol-Modells für das grobkörnige Kraftfeld Martini 3 wurde im Journal of Chemical Theory and Computation angenommen. Er trägt den Titel "Martini 3 Coarse-Grained Force Field for Cholesterol".

01.10.2023 — Wir begrüßen Saara Lautala und Thilo Duve ganz herzlich in der Thallmair-Gruppe! Saara arbeitet im Rahmen der Initiative SCALE als Postdoktorandin in Zusammenarbeit mit der Gruppe von Florian Wilfling (MPI für Biophysik) an Membrankontaktstellen. Thilo wird in seiner Masterarbeit lichtschaltbare Kinaseinhibitoren untersuchen.

15.09.2023 — Diese Woche war Sebastian auf dem Symposium Theoretische Chemie in Zürich (Schweiz). Nach vier interessanten Konferenztagen hat er heute außerdem die Gruppe von Pablo Rivera-Fuentes an der Universität Zürich besucht und einen Vortrag mit dem Titel "Protein-ligand interactions resolved by classical molecular dynamics" gehalten. Vielen Dank für die Einladung und die spannenden Diskussionen!

11.08.2023 — Wir freuen uns, dass Cristina auf dem EBSA Kongress in Stockholm (Schweden) für ihr Poster mit dem Titel "Ligand Flip-Flop on a GPCR Surface" einen Posterpreis erhalten hat! Gianmarco Lazzeri aus der Covino-Gruppe wurde ebenfalls ausgezeichnet. Herzlichen Glückwunsch, Cristina und Gianmarco!

03.08.2023 — Unsere beiden Doktorandinnen Cristina und Marieli nehmen diese Woche am EBSA Kongress in Stockholm (Schweden) teil. Beide präsentieren dort je ein Poster mit ihren Forschungsergebnissen zu G-Protein gekoppelten Rezeptoren beziehungsweise nuklearen Rezeptoren.

24.07.2023 — In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern von der Philipps-Universität Marburg konnten wir zeigen, dass sich das Tubby-Protein in Kontaktstellen zwischen dem endoplasmatischen Retikulum und der Plasmamembran aufhält. Dort bindet es sowohl an spezielle Lipide als auch an ein Protein, das nur in diesen Kontaktstellen auftritt. Mehr dazu können Sie in unserer Publikation mit dem Titel "Localization of the tubby domain, a PI(4,5)P2 biosensor, to E-Syt3-rich ER-PM junctions" im Journal of Cell Science nachlesen.

17.07.2023 — Auf dem CMMS-Retreat, der vom 17.-21.07.2023 am Rursee in der Eifel stattfindet, präsentiert Cristina ihre Forschungsergebnisse in einem Vortrag. Außerdem gibt Sebastian eine Einführung in grobkörnige Moleküldynamiksimulationen.

13.07.2023 — In dem FIAS-News-Beitrag "Sensor ermöglicht Analyse eines wichtigen zellulären Abfangjägers" erfahren Sie mehr über den neuartigen Glutathionsensor, den wir in Nature Chemistry veröffentlicht haben.

11.07.2023 — Heute gibt Sebastian Thallmair eine Keynote-Lecture mit dem Titel "Protein-lipid interactions resolved by coarse-grained molecular dynamics" auf der Konferenz "10th European Symposium for Plant Lipids" in Amsterdam, Niederlande. Herzlichen Dank an Teun Munnik (Universität Amsterdam), das Organisationskommittee und die Deutsche Gesellschaft für Fettwissenschaft e.V. für die Einladung auf die interessante Konferenz rund um pflanzliche Fette.

16.06.2023 — Glutathion spielt eine wichtige Rolle in Zellen: es reguliert das zelluläre Redoxpotential und ist an Signalprozessen beteiligt. Zusammen mit Wissenschaftlern an der Universität Zürich haben wir einen quantitativen Glutathionsensor entwickelt und charakterisiert, der selektiv in zellulären Substrukturen, also einzelnen Organellen eingesetzt werden kann. Unsere Ergebnisse sind jetzt in Nature Chemistry unter dem Titel "A Locally Activatable Sensor for Robust Quantification of Organellar Glutathione" erschienen.

31.05.2023 — Initiiert von Doris Hardt und Sebastian Thallmair wurde zum ersten Mal der Preis "Best FIGSS Talk" an Vortragende des FIGSS Seminars im Wintersemester 2022/2023 verliehen. Im Rahmen der Graduiertenschule FIGSS am FIAS stellen Doktorand*innen ihre Forschungsarbeiten in der zweiwöchig stattfindenden Seminarreihe vor. Seit dem Sommersemester 2022 ist Sebastian wissenschaftlicher Koordinator der Graduiertenschule FIGSS.

30.05.2023 — In internationaler Zusammenarbeit mit Forschenden aus Portugal, Frankreich, den Niederlanden, Deutschland, Kanada und den USA haben wir ein Martini 3 Model für Cholesterol entwickelt und validiert. Cholesterol ist ein Kernbestandteil von Zellmembranen und daher ein wichtiges Molekül in biomolekularen Simulationen. In unserer neuen Vorveröffentlichung können Sie mehr über das Martini 3 Model für Cholesterol erfahren.

03.05.2023 — Zusammen mit der Gruppe von Dr. Roberto Covino haben wir der Alfons und Gertrud Kassel-Stiftung, der Dr. Rolf M. Schwiete Stiftung, sowie der Johanna Quandt Stiftung, die unsere Forschungsprojekte fördern, unsere Forschungsergebnisse unter dem Titel "Biomolecular function unraveled by the computational microscope" vorgestellt. Neben Vorträgen von Cristina und Sebastian haben Marieli und Charlie ihre Ergebnisse auf Postern präsentiert. Wir möchten uns nochmal herzlich für die großzügige Förderung bedanken!

13.04.2023 — Wir freuen uns, Dr. Paulo C. T. Souza vom CNRS in Lyon (Frankreich) im ersten CMMS-Seminar des Sommersemesters 2023 zu begrüßen. In seinem Vortrag "On the road to biomolecular design with the Martini coarse-grained model" gab er einen Überblick über das Martini 3 Kraftfeld und zeigte Anwendungen im Bereich Medikamentendesign und Wirkstoffabgabe.

27.03.2023 — Wir begrüßen David Grantz und Charlie Müller ganz herzlich in der Thallmair-Gruppe! David arbeitet an seiner Doktorarbeit in der Gruppe von Ben Feringa und Wiktor Szymanski an der Universität Groningen (Niederlande) und wird in den nächsten zwei Wochen am FIAS an Docking von lichtschaltbaren Antibiotika arbeiten. Charlie studiert Biophysik an der Goethe-Universität Frankfurt. Für seine Bachelorarbeit in der Thallmair-Gruppe wird er sich mit lichtschaltbaren Lipiden beschäftigen.

13.03.2023 — In den nächsten eineinhalb Wochen wird Sebastian gemeinsam mit Dr. Roberto Covino (FIAS) und Dr. Maziar Heidari (MPI für Biophysik) die Vorlesung "Introduction to Biomolecular Simulations" an der Goethe-Universität halten.

20.02.2023 — Unsere Veröffentlichung mit dem optimierten Martini 2 Cholesterol Model ist unter dem Titel "Optimal Bond Constraint Topology for Molecular Dynamics Simulations of Cholesterol" im Journal of Chemical Theory and Computation erschienen. Außerdem beschreiben wir ein Diagnoseprogramm zur Analyse problematischer Kraftfeldbeschreibungen von Molekülen, die zu nicht-physikalischen Temperaturgradienten in Moleküldynamiksimulationen führen. Vielen Dank an Balázs Fábián und Gerhard Hummer für die gute Zusammenarbeit!

02.02.2023 — Wir haben eine interdisziplinäre Postdoc Stelle zur Untersuchung von Membrankontaktstellen mittels cryo-Elektronenmikroskopie und molekularer Modellierung zu besetzen. Die Stelle ist in Kooperation mit der Gruppe von Florian Wilfling am Max-Planck-Institut für Biophysik. Mehr Details und den Link zum Abschicken Ihrer Bewerbung finden Sie hier.

30.01.2023 — Sind Sie neugierig, wie ein Martini 3 Proteinmodel aufgesetzt wird, um Protein-Ligand-Wechselwirkungen zu untersuchen? Eine detaillierte Beschreibung finden Sie in unserem neuen Buchkapitel "Practical Introduction to Martini 3 and its Application to Protein-Ligand Binding Simulations". Glückwunsch, Cristina, und vielen Dank an alle Coautoren!

01.01.2023 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr und freut sich auf tolle Kooperationen, spannende Forschungsergebnisse und interessante Konferenzen!

19.12.2022 — Wir freuen uns, dass unsere Veröffentlichung "Protein-ligand binding with the coarse-grained Martini model" in die Kollektion "Molecular dynamics simulations and computational methods in life science" von Nature Communications aufgenommen wurde.

16.12.2022 — Gestern fand das Symposium "2nd Molecular Modeling and Simulation Workshop" im Rahmen des CMMS am FIAS statt. Neben einem Gastvortrag von Prof. Dr. Ahmad Reza Mehdipour trugen Doktorand/innen und Postdoktorand/innen von Gruppen aus der Rhein-Main-Region vor. Auch Cristina und Marieli haben ihre Forschungsergebnisse präsentiert.

14.11.2022 — Vergangene Woche haben Cristina und Sebastian drei Tage auf dem "2nd Martini Developers Meeting" auf Malta verbracht. Dort fand ein intensiver Austausch mit den Hauptentwickler-Gruppen über aktuelle und kommende Entwicklungen des grobkörnigen Martini-Kraftfelds statt.

03.11.2022 — Herzlich Willkommen, Marieli Goncalves Dias! Marieli ist Doktorandin an der Campinas Universität und dem Brazilian Biosciences National Laboratory in Campinas, Brasilien. Sie wird ein Jahr als Gastdoktorandin in der Thallmair-Gruppe verbringen um Moleküldynamiksimulationen von Kernrezeptoren durchzuführen.

20.10.2022 — Wir haben eine optimale Beschreibung von Cholesterol mit dem grobkörnigen Kraftfeld Martini entwickelt. Dies verhindert die Entstehung künstlicher Temperaturgradienten in Simulationen biologischer Membranen. Zusammen mit Kollegen am CMMS und MPI für Biophysik haben wir unsere Ergebnisse in einer Vorveröffentlichung zusammengefasst.   

04.10.2022 — Unsere Veröffentlichung über lichtschaltbare cross-linker wurde unter dem Titel "Light-Responsive Linkers for the Control of Biomolecules" in ChemistryViews auf Englisch zusammengefasst. 

08.09.2022 — Das Tubby-Protein spielt eine wichtige Rolle für die Kommunikation zwischen Zellen. In Zusammenarbeit mit Wissenschafltern aus Marburg und Groningen konnten wir eine bislang unbekannte, zweite Bindestelle des Signallipids PI(4,5)P2 identifizieren. Sie erhöht die Sensitivität von Tubby für das Signallipid maßgeblich. Mehr Details dazu finden Sie in dem FIAS-News-Artikel und in der Veröffentlichung "Two cooperative binding sites sensitize PI(4,5)P2 recognition by the tubby domain", die in Science Advances erschienen ist.

03.09.2022 — Lichtschaltbare cross-linker können an zwei Stellen mit Biomolekülen verbunden werden und dann durch kontrollierte Bestrahlung mit Licht die Funktion der Biomoleküle verändern. Gemeinsam mit Wissenschaftern der Universität Groningen haben wir solche cross-linker mit verbesserter Wasserlöslichkeit entwickelt und charakterisiert. Die Ergebnisse sind unter dem Titel "Photoswitchable, water-soluble bis-azobenzene cross-linkers with enhanced properties for biological applications" im Journal ChemPhotoChem erschienen.

24.06.2022 — Unser Artikel zur Häufigkeit von Abbrüchen in Moleküldynamiksimulationen mit dem Titel "Small ionic radii limit time step in Martini 3 molecular dynamics simulations" ist in The Journal of Chemical Physics erschienen. In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern im CMMS und am MPI für Biophysik haben wir Lösungen erarbeitet, um größere Zeitschritte in Martini 3 Simulationen zu ermöglichen und so deren Effizienz zu steigern. Vielen Dank an Balázs Fábián und Gerhard Hummer für die gute Zusammenarbeit!

09.05.2022 — Letzte Woche hat Cristina einen Vortrag mit dem Titel "Coarse-grained modeling of salbutamol and salmeterol binding to β2-adrenergic receptor" in der Doktoranden-Edition der BioExcel Webinar Serie gehalten. Für alle, die den Vortrag verpasst haben, gibt es eine Aufzeichnung auf der BioExcel Webseite.

13.04.2022 — Zu große Zeitschritte in Molekükdynamiksimulationen können zu häufigen Abbrüchen der Simulation führen. Zusammen mit Kollegen im CMMS und MPI für Biophysik haben wir ein statistisches Modell für die Häufigkeit solcher Abbrüche entwickelt. Das Modell und eine Analyse von Abbrüchen in Simulationen mit dem grobkörnigen Kraftfeld Martini 3 sind in unserer Vorveröffentlichung zusammengefasst. 

11.04.2022 — Glutathion ist für das zelluläre Redoxpotential verantwortlich sowie an zellulären Signalprozessen beteiligt. In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern aus der Schweiz haben wir einen quantitativen Glutathionsensor entwickelt und charakterisiert. In einer Vorveröffentlichung zeigen wir, dass der Sensor sowohl in der gesamten Zelle also auch in bestimmten Organellen eingesetzt werden kann, um die Glutathionmenge zu bestimmen. 

01.04.2022 — Cristina wurde auf der virtuellen Konferenz "BioExcel School on Biomolecular Simulations" mit einem Posterpreis für ihr Poster "Coarse-grained modeling of salbutamol and salmeterol binding to β2-adrenergic receptor" ausgezeichnet! Damit verbunden darf sie ihre Forschungsergebnisse in einem Vortrag bei dem BioExcel Webinar am 3. Mai vorstellen. Herzlichen Glückwunsch, Cristina!

01.04.2022 — Zusammen mit Forschern an der Universität Groningen haben wir einen Übersichtsartikel geschrieben, in dem wir uns der Rolle von katalyse-induzierter Bewegung von Enzymen widmen und deren möglichen Einfluss auf den zellulären Metabolismus. Mehr dazu finden Sie in unserer Veröffentlichung mit dem Titel "Perspective: A stirring role for metabolism in cells", die in Molecular Systems Biology erschienen ist.

08.03.2022 — Die Entwicklung von lichtschaltbaren Medikamenten stellt eine besondere Herausforderung dar, da sie Elemente der medizinischen Chemie und der Photochemie verbindet. In unserer Veröffentlichung im Journal of Medicinal Chemistry zeigen wir zusammen mit Wissenschaftlern aus den Niederlanden und Deutschland, wie computergestützte Methoden erfolgreich dazu beitragen können, lichtschaltbare Inhibitoren für ein bakterielles Enzym zu entwickeln. 

03.01.2022 — Bei starker Lichteinstrahlung ist es für Photosynthese-betreibende Organismen wichtig, sich vor zu viel Lichtenergie zu schützen. Gemeinsam mit Wissenschaftlern aus den Niederlanden und Italien haben wir herausgefunden, dass sich bei einem der bekannten Regulationsmechanismen Teile der Proteinstruktur und die Lipidaffinität ändern. Mehr über die NMR Messungen und gröbkörnigen MD Simulationen erfahren Sie in unserer Veröffentlichung im Biophysical Journal.

01.01.2022 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr!

16.12.2021 — Stark eutektische Lösungsmittel sind eine umweltfreundliche und kostengünstige Alternative zu ionischen Flüssigkeiten und finden mehr und mehr Anwendung in der chemischen Industrie. Zusammen mit Wissenschaftlern von der Universität Groningen und dem CNRS in Lyon haben wir ein Modell zur Simulation der Eigenschaften von stark eutektischen Lösungmitteln entwickelt. Mehr dazu erfahren Sie unserer neuen Veröffentlichung in ACS Sustainable Chemistry and Engineering.

15.10.2021 — ω-Transaminasen katalysieren die Umwandlung von Ketonen in chirale Amine und sind daher interessant für die chemische Industrie z.B. bei der Herstellung von Arzneimitteln. In unserer neuen Veröffentlichung im Journal of Chemical Information and Modeling stellen wir ein effizientes computergestütztes Protokoll zur Vorhersage der Enatioselektivität und katalytischen Selektivität von ω-Transaminasen vor. Am Beispiel der ω-Transaminase von Vibrio fluvialis zeigen wir dessen Vorhersagekraft im Vergleich zu 62 experimentellen Datenpunkten.

07.09.2021 — Der Martini-Workshop war der Auftakt eines Monats mit mehreren Vorträgen zu unseren Arbeiten. Sebastian Thallmair ist eingeladen, einen Vortrag auf der CLiC-Konferenz zu geben. Außerdem wird er die Arbeitsgruppe auf den PhD-Days des FIAS vorstellen sowie einen Vortrag auf der virtuellen Herbsttagung der Deutschen Physikalischen Gesellschaft geben.

03.09.2021 — Der dreitägige online Martini-Workshop ist heute erfolgreich zu Ende gegangen. Neben Tutorials gab es auch aufgezeichnete Vorträge und entsprechende Frage-und-Antwort-Sitzungen, die live abgehalten wurden. Sebastian Thallmair stellte in einem eingeladenen Vortrag die Proteinmodelle in Martini 3 vor und betreute die Protein-Tutorials. Auch Cristina Gil Herrero war als Teilnehmerin auf dem Workshop aktiv.

17.08.2021 — In Simulationen von Lipiddoppelschichten mit Cholesterol können künstliche Temperaturgradienten entstehen, die die Membraneigenschaften beeinflussen. Gemeinsam mit Wissenschaftlern der Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik und der Universität Groningen haben wir entdeckt, dass das Problem in grobkörnigen sowie atomistischen Simulationen auftritt. In unserer neuen Veröffentlichung in The Journal of Physical Chemistry B beschreiben wir, wie diese Artefakte vermieden werden können.

16.08.2021 — Unsere Forschungsergebnisse zum Protein-Engineering einer ω-Transaminase sind in ACS Catalysis erschienen. Zusammen mit Wissenschaftlern der Universität Groningen haben wir ein computergestütztes Verfahren verwendet, um die Akzeptanz unterschiedlicher Substrate einer temperaturstabilen, synthetisch attraktiven Transaminase zu verbessern. Die berechneten Ergebnisse wurden anschließend experimentell bestätigt.

02.08.2021 — Herzlich Willkommen, Cristina Gil Herrero! Cristina hat ihren Master in Theoretical Chemistry and Computational Modeling an der Autonomen Universität in Madrid gemacht und wird ihre Doktorarbeit im Bereich Protein-Ligand Wechselwirkungen in der Thallmair-Gruppe anfertigen.

12.07.2021 — Wir freuen uns, Timo Bachmann von der Universität Wien in der Thallmair-Gruppe begrüßen zu dürfen. Er wird im Rahmen eines Erasmus+ Stipendiums ein Forschungspraktikum bei uns machen.

09.07.2021 — In unserem heutigen online Mini-Symposium waren die vier CMMS-Nachwuchsgruppen und weitere Nachwuchsgruppen aus der Rhein-Main-Region vertreten. Das Mini-Symposium, initiiert von Roberto Covino und Sebastian Thallmair, umfasste sieben spannende Vorträge aus dem Bereich Modellierung und computergestützte Biologie.

16.06.2021 — Von 1.-3. September 2021 findet ein online Martini-Workshop statt. Während des dreitägigen Workshops liegt der Fokus auf der neuen Version des grobkörnigen Kraftfelds Martini 3. Es wird sowohl Vorträge der Hauptentwickler des neuen Martini 3 Kraftfelds geben, als auch betreute Tutorials. Auch Sebastian Thallmair wird einen Vortrag halten. Mehr Information (auf englisch) und den Link zur Anmeldung finden Sie hier.

29.03.2021 — Nach unzähligen Durchgängen von Optimierungen ist die lang erwartete und vollständig neu parametrisierte Version des grobkörnigen Kraftfelds Martini 3 erschienen. Die Veröffentlichung mit dem Titel "Martini 3: A General Purpose Force Field for Coarse-Grained Molecular Dynamics" ist in Nature Methods erschienen. Alle Details und die umfangreiche Sammlung an Testsystemen sind in der 116-seitigen (!) Supporting Information zu lesen. Die Kraftfeldparameter gibt es hier zum Download.

18.03.2021 — Zusammen mit Kooperationspartnern an der Universität Groningen und dem Universitätsklinikum Groningen haben wir aus zwei Sulfonamid-Inhibitoren lichtschaltbare Inhibitoren entwickelt. Mehr dazu gibt es in unserer Publikation "Biaryl Sulfonamides as cisoid Azosteres for Photopharmacology" in Chemical Communications zu lesen.

03.03.2021 — Die Thallmair-Gruppe ist eine der vier Nachwuchsgruppen, die im vergangenen Jahr am FIAS und im CMMS Projekt eingerichtet wurden. Für alle, die mehr über die vier Gruppen wissen wollen, gibt es einen kurzen Film. Dieser wurde im Rahmen der "Giersch - Summerschool & International Conference" gedreht.

05.02.2021 — Wir suchen eine Doktorandin oder einen Doktoranden mit Interesse am Thema "Microscopic Modeling of Protein-Drug Binding" und freuen uns auf zahlreiche Bewerbungen bis zum 28.02.2021. Mehr Informationen dazu gibt es in der Stellenanzeige.

27.01.2021 — Die Editoren von Nature Communications haben unsere Publikation "Protein-ligand binding with the coarse-grained Martini model" in ihre Highlights zum Thema "Structural biology, biochemistry and biophysics" aufgenommen. Vielen Dank und Gratulation an alle Coautoren aus Groningen, Lugano, Lyon und Chicago!

01.01.2021 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr!

10.12.2020 — Es ist schon einige Zeit vergangen, seit Sebastian Thallmair zuletzt experimentell in einem chemischen Labor gearbeitet hat. Teile seiner Arbeiten zur Synthese und Charakterisierung von Fe(II) Spin-Crossover Komplexen sind jetzt in der Zeitschrift für anorganische und allgemeine Chemie erschienen.

Marieli Goncalves Dias

PhD Student

Timo Bachmann

Masterstudent